非淋菌性尿道炎とクラミジア性子宮頸炎は、通常、クラミジア‐トラコマティスまたは（男性の場合）ウレアプラスマ‐ウレアリティクムによって、時には腟トリコモナスや単純ヘルペスウイルスによって起こされる性感染症である。
これらの感染症は、淋菌淋疾を引き起こす細菌によるものではないことを示すために「非淋菌性」と呼ばれる。
淋疾が原因ではない男性の尿道感染症のおよそ50%、そして同じく淋疾ではない女性の子宮頸部に膿を形成する感染の大部分が、クラミジア‐トラコマティスによって引き起こされる。
残りの大部分の尿道炎は、マイコプラズマ様細菌の一種であるウレアプラスマ‐ウレアリティクムによって引き起こされる。
クラミジア属は、細胞内だけで増殖が可能な小さい細菌である。
ウレアプラスマ属は硬い細胞壁が欠如している非常に小さな細菌だが、細胞外で増殖できる。
症状は通常、感染者との性交渉があってから4〜28日後の間に、感染した男性は、放尿時に尿道に軽度の灼熱感を感じる。
通常、ペニスから分泌物が出る。
分泌物は、透明、または混濁しているが、一般に淋疾ほど濃くはない。
早朝、ペニスの開口部は多くの場合赤く、乾いた分泌液でくっついてしまう。
時折、この病気はかなり劇的に始まる。
男性は放尿痛を感じ、頻繁に放尿し、尿道から膿が出る。
クラミジア属に感染している大部分の女性は、症状は出ないけれども、中には頻尿、放尿中の下腹部の痛み、性交中の痛み、腟からの黄色い粘液と膿の分泌が起こる患者もいる。
感染している相手との肛門または口腔のセックスにより、直腸や咽喉が感染することがある。
この感染は、痛みと、黄色い膿と粘液の分泌を引き起こす。
大部分の症例で、クラミジア‐トラコマティスによる感染は、検査室でペニスまたは子宮頸からの分泌物を調べることによって診断できる。
ウレアプラスマ‐ウレアリティクム感染は、通常の医療施設では、はっきりとした診断が出来ない。
クラミジア属、またはウレアプラスマ属感染の診断は、培養が難しい上に、他の技術による診断は高価なので、多くの場合淋疾の存在を否定するような証拠と共に、特徴のある症状に基づいて推定される。